Музей был открыт в 1971 г. Он создавался стараниями энтузиастов-общественников. Музей располагается в нескольких исторических зданиях и имеет ряд уникальных коллекций. Раздел «Археология» признан лучшим среди музеев Московской области. Огромный интерес вызывает зал, посвященный промыслам Подольского края. Уникальной является коллекция швейных машин Компании Зингер.
В отдельно стоящем здании располагается экспозиция «Природа Подольского края». В октябре 2011 г. в отреставрированном здании первой четверти XIX века открылась новая экспозиция музея «230 лет городу Подольску». Она рассказывает о важнейших событиях в истории города и страны: Отечественной войне 1812 года, подвиге подольских курсантов в битве под Москвой 1941 г., о промышленности и культуре города. Художественное оформление экспозиции осуществлялось творческой мастерской заслуженного художника России А.Н. Конова «МузейМедиа »и имеет новаторский характер, основанный на принципе погружения посетителя в пространство истории
