В XVII веке на месте пруда находились Поганые болота. Погаными их прозвали из-за того, что неподалеку располагался Животный двор, и все отходы после убоя скота скидывались именно сюда. В 1703 году князь Александр Меншиков, который являлся сподвижником Петра I, стал владельцем имения рядом с Погаными болотами. Он приказал очистить болота, ведь по проходящей мимо дороге ему приходилось часто ездить вместе с царем.
Поговаривают, что еще до князя москвичи с сарказмом называли болота Чистыми. Ну а как уж приказ князя был выполнен, пруд получил свое официальное название – Чистый пруд. Но именовали его все по старой памяти во множественном числе. Так и закрепилось название.
